Trapiche surge como parte de un gran proyecto ideado por un grupo de empresarios y ciudadanos que buscaban convertir a Los Mochis en una de las «ciudades del aprendizaje» y así, ser parte de la red mundial que existe. Es por esta razón que el Museo nace con la misión de posicionar el valor del aprendizaje en la comunidad y en el que se establece una nueva dinámica cultural que integra diversos ámbitos del conocimiento y la creación. Trapiche, a través de sus diversas áreas de exposición, se convierte en el escenario para la acción que impulsa la construcción de ciudadanía, genera arraigo, pertenencia y afecto a la ciudad; además, desarrolla el pensamiento científico, crítico y creativo en sus múltiples audiencias.

Está concebido como un museo híbrido ya que atiende a tres grupos diferenciados por edad, es decir, cada sala está diseñada acorde a los intereses y necesidades de un tipo de visitante en particular. La Sala Exploradores es un espacio enfocado a desarrollar habilidades de los niños entre los cero y cinco años de edad y responde a la tipología de un Museo de Niños; la Sala Creadores es un espacio para escolares de primaria diseñado para presentar exhibiciones permanentes con contenido actualizable; mientras que la Sala Conocedores está diseñada como un Museo de Ciencia que opera como una Sala de Exposición Temporal, ya que cuenta con un equipamiento flexible capaz de cambiar en su totalidad el contenido, es decir, puede exponer lo mismo temas de Salud que de Energía, Tecnología o Medio Ambiente.