El Museo de Historia Natural y Cultura Ambiental inició un proceso de transformación con un planteamiento conceptual de renovación integral. El nuevo proyecto museográfico evidencia la riqueza, belleza y complejidad de la naturaleza dotándola de personalidad propia que deriva en un empleo de recursos expositivos variados combinados con elementos sobrios que brindan protagonismo a cada pieza de colección, al mismo tiempo la contextualizan con la intención de revelar sus formas de vida y procesos en los que están involucrados.

Aunado a lo anterior, la museografía establece un diálogo con la arquitectura por medio de elementos contrastantes que dan sentido a las relaciones de pasado y presente, lo macroscópico y lo microscópico, lo simple y lo complejo, lo evidente y lo oculto, lo asombroso y lo ordinario. El recorrido se sugiere no lineal por lo que se presentan contenidos estructurados de manera autónoma con la intención de exponer mensajes claros y contundentes. Estos mensajes se transmiten a través de una amplia gama de recursos expositivos como escenas tipo diorama, vitrinas, proyecciones, infografías, réplicas, cédulas, laboratorios de experimentación, ilustraciones científicas, interactivos, que todos en conjunto narran una historia completa: la historia de la naturaleza.

Este planteamiento se ve materializado en la rehabilitación del Conjunto de cuatro y dos bóvedas.